Význam nákladní říční dopravy v dopravním systému České republiky zůstává nízký a dlouhodobě klesá. Informoval o tom Národní kontrolní úřad (NKÚ) s tím, že v období od roku 2007 se podíl na přepravě v tunách snížil z 0,4 % na 0,23 % v roce 2018. V Česku bylo v roce 2018 přepraveno více než 479 milionů tun zboží po silnici, přes 99 milionů tun zboží po železnici a 1,4 milionu tuny zboží po vodních cestách.
Sektor vodní dopravy v České republice potřebuje stabilizovat a zvýšit konkurenceschopnost vůči silniční a železniční dopravě. Počítá se s rozvojem osobní dopravy, která tvoří významnou součást turistického ruchu. Tématem diskuzí je výstavba jezu v Děčíně. Na 3,5 miliardy korun by měly přijít úpravy Labe u Přelouče. Obdobná investice bude potřeba pro výstavbu zdvihadel pro rekreační lodě na vltavských přehradách. Vodní doprava v České republice je limitována délkou splavných úseků, které představují 355 kilometrů. Výhodou je, že je plavební systém téměř vždy propojen s mořem. Klíčovou roli sehrává Labe ústící do Severního moře. Údržba lodní dopravy, která dnes představuje procento všech nákladních přeprav v České republice, patří v porovnání se silniční nebo železniční dopravou k těm jednodušším.
