Ve většině sledovaných přírodních koupališť v České republice je voda zdravotně nezávadná a vhodná ke koupání. Krajské hygienické stanice však několik míst také zavřely. Jedná se o rybníky Sykovec a Rosnička a přírodní biotopy Honětice a Modrá. Na několika místech koupání nedoporučují.
Ostražití by měli být lidé ve Velkém rybníku na Karlovarsku, v rybníku Valcha na Klatovsku, v Staňkovském rybníku u Třeboně a rybníku Černý u Smrčné, kde hygienici koupání nedoporučují. Rizikové může být především pro děti, těhotné ženy a osoby trpící alergií či s oslabeným imunitním systémem. Se zhoršenou kvalitou vody se potýkají koupaliště Šeberák a Hostivař, Máchovo jezero, vodní nádrži Seč na Chrudimsku, Břevnická nádrž u Chotěboře nebo Brušperk v podhůří Beskyd. V těchto lokalitách hygienici doporučují se po koupání umýt čistou vodou.
Pravidelnou příčinou zhoršené kvality vody jsou sinice, které mohou vyvolat vyrážky, podráždění očí, rýmu, ale i žaludeční a střevní potíže nebo jaterní problémy. Podle mluvčí středočeských hygieniků Dany Šalamunové se na kvalitě vody nejvíce podepisuje intenzita slunečního svitu, větru, počet srážek a její teplota. „Obecně platí, že pokud se bude držet počasí, kdy bude hodně slunečního svitu a málo dešťů, tak je větší pravděpodobnost, že se ve vodě budou tvořit sinice a voda bude méně kvalitní,“ informovala Šalamunová.
